一、增值税法律地位不高，权威性不足，与其主体税种地位不符
增值税只有作为行政法规的国务院颁发的暂行条例和作为税收规章的财政部、国家税务总局颁布的实施细则等，还有作为部门规章的规定、办法及一大批规范性文件。
二、减免税规定较多，执行难度大
除了《增值税暂行条例》第十五条件规定的七项减免税以外，对资源综合利用、鼓励高科技产业发展、保护残疾人、支持各行业如纺织业、核电工业和发展进出口贸易等方面都相继出台了一系列减免税规定或即征即返的办法。
三、小规模纳税人的规定导致大部分纳税人实际脱离增值税的管理。
增值税纳税人约85%为小规模纳税人。
四、增值税制度的进出口税收政策在执行中存在缺陷
一是没有足额退税；二是退税率变动频繁；三是对应限制出口的高污染、高耗能及资源型产品视同一般出口产品予以退税，不利于可持续发展的原则；四是退税手续复杂。
五、增值税地区转移现象严重
增值税课征依据的两个原则：生产地原则(origin principle)和消费地原则(destination principle)。
目前实行增值税的国家对国际贸易大多采用消费地原则，原因有两点：一是生产地原则可能导致恶性税收竞争；二是消费地原则需要的边境税收调整很容易做到（如设立海关等）。
“属地”管理之“地”如此之多
增值税暂行条例及其实施细则：机构所在地、销售地、报关地、居住地 n消费税暂行条例及其实施细则：核算地 n营业税暂行条例及其实施细则：应税劳务发生地、土地所在地、不动产所在地 n企业所得税暂行条例及其实施细则：实际经营管理所在地、负责经营管理与控制的机构
在一国境内的跨地区税收征管中，很少有国家实行消费地原则，主要原因有：
一是边境控制会阻碍商品流动，也会提高征管成本；
二是当增值税属于中央税时，不存在税收竞争问题；
三是在生产环节征收增值税的成本更低。
增值税负担与收入归属不对称的不利影响
不利于经济增长方式转变；
不利于建立为消费者服务的公共财政观念。
不利于地区财力均衡。
2005年企业有效增值税率的分布
增值税历史进程
法国
1954年以增值税代替产品税，最初只对工业生产和商业批发环节征收增值税，1968年将范围扩大到商业零售环节和农业，1976年又进一步扩大到服务业以及与生产、经营有直接关系的自由职业者
丹麦
1967年以增值税取代批发环节的营业税，但仅对商品和少部分劳务征收，1978年起，将征收范围扩大至所有商品和大部分劳务。
印度
20世纪80年代开始实施增值税类型的税收，首先是从个别邦生产领域的个别行业开始，税制改革成功后扩大到多数邦和生产领域的多数行业，以后又扩大到批发环节，但始终没有延伸到零售环节。2001年4月印度政府提出要取消销售税，实行增值税，但由于种种原因被延期。直至2005年4月1日起开始实行有区别的联邦增值税和邦增值税。
韩国
1977年在取消营业税、商品税、电气税、旅行税、娱乐税和食品税等的基础上，实施全面型增值税，征收范围涉及农业、工业、建筑业、运输业、仓储业、金融业、饮食旅店业、出租不动产等。
英国
1973年改革商品课税制度，将购买税和特别就业税调整合并为增值税。
新西兰
1986年开征货物和劳务税，征税范围广泛，不仅包括任何货物和劳务的提供，还包括政府的属于金融活动的收入。
印度尼西亚
以增值税（包括增值税和奢侈品消费税）取代销售税。增值税在最后的消费阶段征收，除个别情况外，国内消费的商品几乎没有免税和低税率的待遇。从2004年起，分阶段对所有商品征收增值税、奢侈品消费税和进口关税。
德国
1968年开征，取代了多年实行的一直延伸至零售环节征税的“阶梯式”的销售税。
越南
1999年以增值税取代营业收入税，其征收范围覆盖生产、销售、服务全过程，不仅包括工业品生产和流通，还包括农产品生产和流通、劳务服务。
荷兰
1969年1月在降低公司税税率的基础上，用增值税代替了批发税，其征收遍及商品和劳务生产和销售过程中的各个环节。